2000年后，孔令輝的狀態(tài)有所下滑，連續(xù)兩屆世錦賽上與單項冠軍無緣，但是他為國效力的熱忱卻并沒有減退，2005年5月的上海，年屆30的孔令輝最后一次征戰(zhàn)世界大賽，并與王皓合作職業(yè)生涯第三次獲得世乒賽的男雙冠軍，為自己的大賽生涯畫上了圓滿的句號。